Après avoir été torturé par les agents de Belltower et privé de ses augmentations, Adam Jensen ne peut compter que sur ses capacités naturelles pour s'échapper du cargo le menant vers une destination inconnue. Alors qu'il tente de survivre en milieu hostile, Jensen découvre de nouvelles informations incroyables sur la conspiration. Trouvez de nouveaux alliés mystérieux et affrontez des ennemis sans pitié pour découvrir ce qui se tramait dans l'ombre des événements de Deus Ex: Human Revolution !