Momodora: Reverie Under the Moonlight se déroule dans une contrée maudite en déclin. Le mal se répand, les morts se lèvent, et la corruption règne. Tous pensent que l'espoir n'est plus qu'un lointain souvenir, mais seule une prêtresse du village de Lun, dénomée Kaho, y fait exception.
Une audience auprès de Sa Majesté la Reine pourrait mener au salut de ce pays... Mais le temps s'écoule, et chaque nuit qui passe est plus sombre que la précédente.