Outlast 2 introduit Sullivan Knoth et ses adeptes, qui ont décidé de quitter notre monde moderne corrompu et de se cacher de ce dernier pour fonder Temple Gate, ville perdue dans les étendues sauvages. Knoth et ses fidèles se préparent pour la fin des temps... et vous êtes en plein milieu de ces événements.

Vous êtes Blake Langermann, un caméraman travaillant avec sa femme, Lynn. Ensemble, vous vous êtes spécialisés dans le journalisme d'enquête, et êtes prêts à tout risquer pour dévoiler les histoires que personne d'autre n'ose toucher.

Vous suivez une suite d'indices, remontant depuis le meurtre apparemment impossible d'une femme enceinte, connue seulement sous le nom générique de Jane Doe.
L'enquête vous a mené des kilomètres au sein du désert arizonien, vers une noirceur si profonde que personne ne peut l'éclaircir, et une corruption telle que basculer dans la folie sera la seule chose sensée à faire.