Vous êtes le Prototype, Alex Mercer. Votre mémoire a été effacée et vous êtes dotés d'incroyables aptitudes de transformation. Vous voulez faire payer les responsables de la conspiration qui vous a créé.

Combats nerveux basés sur vos aptitudes de transformation : vous pouvez transformer votre corps et vos membres en lames, fouet, marteau, choisissez la meilleure arme selon la situation.

Déplacements et agilité : courez sur les toits, sautez d'immeuble en immeuble, rebondissez sur les voitures et tout ce qui se trouve sur votre chemin. Déplacez-vous librement dans les environnements ouverts de New-York.

Déguisement : vous pouvez prendre l'apparence et les pouvoirs de n'importe quel individu en le consommant. Vous aurez ainsi accès à sa mémoire et à ses aptitudes.

Scénario basé sur la conspiration : vous n'avez aucun souvenir du passé. Juste des pouvoirs mystérieux et le nom d'une ville en Idaho. Partez à la découverte d'une conspiration veille de 40 ans et de vos origines.