Rendant hommage à l' SHMUP classique, Project Root jette les joueurs dans les lignes de front de la rébellion à la bataille contre une collection sans fin de l'avion ennemi, des essaims d'attaques de missiles, des légions de réservoirs et de se engager dans des combats de boss frénétiques de grève à la racine de la mauvais Prometheus Corp.