Dans un avenir lointain, après la découverte d'une hormone cérébrale de type psionique, les humains développent des pouvoirs extra-sensoriels, changeant à jamais la face du monde. À l'aube de cette nouvelle ère, d'étranges mutants appelés "Autres" et dotés d'un certain appétit pour les cerveaux humains tombent littéralement du ciel. Très vite, le monde se rend compte que seules des mesures extrêmes pourront venir à bout de ces créatures, insensibles aux armes conventionnelles, et que son unique chance de survie réside dans des êtres aux capacités extra-sensorielles ultradéveloppées appelés les "psioniques". Depuis, la BEA (Brigade d'Extermination des Autres) recrute tous les psioniques qu'elle trouve pour constituer la dernière ligne de défense de l'humanité.

Vivez deux histoires, en choisissant de commencer par celle de Yuito Sumeragi, une jeune recrue dynamique issue d'une lignée prestigieuse de politiciens, ou celle de Kasane Randall, recrutée directement par la BEA pour sa maîtrise de son pouvoir et sa puissance. Apprenez-en plus sur le monde qui vous entoure au fur et à mesure que leurs histoires s'entrecroisent et levez le voile sur tous les mystères de cet avenir "Brain Punk" dans lequel technologie et pouvoirs psychiques s'entremêlent avec SCARLET NEXUS.