Save the Ninja Clan est un jeu de plateforme destiné aussi bien aux joueurs occasionnels qu'aux fans de speedrun. Il y a deux façons de jouer : finir le mode Histoire normal ou trouver des secrets ou « bugs » dans les niveaux pour embêter le Maître du jeu qui regarde.

Mode Histoire
Un ninja maléfique a kidnappé vos amis. Vous devez rassembler des parchemins pour retrouver vos amis et les sauver. Vous prendrez le contrôle de plusieurs ninjas au cours de votre périple. Chaque ninja a une aptitude unique : le ninja vert peut effectuer un double saut, le ninja violet peut faire un sprint et le ninja gris peut se téléporter (tout en bénéficiant d'une invincibilité temporaire).

Mode Histoire alternative
Vous pouvez embêter le « Maître du jeu » en trouvant des secrets ou des « bugs » dans les niveaux. Au bout d'un moment, il se lassera de vos tentatives pour ruiner le niveau et vous enverra au niveau suivant.

Caractéristiques
- 30 niveaux uniques.
- Des secrets ou bugs dans tous les niveaux sans boss.
- 3 types de ninjas avec chacun des aptitudes uniques.
- 3 boss à combattre.
- Le jeu est trop dur ou trop facile ? Ajustez la vitesse.
- Déverrouillez des modifications pour votre couteau.
- La plupart des statistiques sont enregistrées.
- Les replays vous montrent vos tentatives précédentes.
- La fin secrète vous réserve une surprise.