Sheepo est un jeu de plateforme à la sauce metroidvania totalement azimuté, dans lequel vous incarnez une bestiole métamorphe aux allures de mouton. Vous êtes chargé de parcourir une planète inexplorée et de recueillir des échantillons de chaque espèce vivante afin de compléter une base de données intergalactique.

Pour capturer une créature, Sheepo doit dénicher un œuf qui n'a pas encore éclos, jalousement gardé par la "Reine" (c'est-à-dire le boss) de son espèce. Chaque fois que Sheepo récupère un œuf, il gagne la capacité de se transformer en cette créature lorsqu'il la touche, et d'explorer en profondeur les richesses naturelles de la planète.

Sheepo est un metroidvania sans mécanique de combat à proprement dit. Le gameplay est basé sur des mécanismes de plateforme et d'exploration. Grâce aux créatures qu'il capture, Sheepo apprend à creuser, à voler et à se téléporter à travers toute une série de paysages connectés les uns aux autres, où il découvrira des temples secrets, des ruines ancestrales et des personnages insolites.