Dans l'éclat des néons, l'avancée technologique force les humains à se soumettre au confort matériel. Dans les ombres, une guerre se profile entre Yatagarasu et la Société Fantôme, les invocateurs de démons qui maîtrisent les pouvoirs surnaturels de « démons ».
Menant une existence dans la mer de données secrète de l'humanité, une entité numérique, Aion, a évolué jusqu'à devenir sentiente. Observant l'humanité de loin, les calculs d'Aion prédisent une catastrophe planétaire imminente et crée deux agentes afin de contrer cette fin du monde : Ringo et Figue.
Ensemble, ces deux agentes d'Aion doivent enquêter et empêcher l'effet papillon qui conduira à l'apocalypse.
Liste des éléments inclus dans Soul Hackers 2