Subaeria est un casse-tête d'action intense avec des éléments roguelike. Les joueurs utilisent leur intelligence pour manipuler leurs ennemis en se détruisant les uns les autres. Ils devront être intelligents dans la façon dont ils abordent différentes situations et réfléchir stratégiquement sur la façon d'utiliser leur environnement et leurs capacités pour vaincre leurs ennemis.
Les joueurs suivent Styx, une jeune fille qui se venge après que sa famille a été assassinée par le suzerain de Subaeria. Elle doit se frayer un chemin à travers des troupeaux de robots meurtriers en les dressant les uns contre les autres. Alors qu'elle progresse vers son objectif de vengeance, elle va explorer la ville sous-marine de Subaeria pour découvrir les mystères qui se trouvent sous les profondeurs.