Tom Clancy's Splinter Cell présente un nouveau type de jeu : un jeu d'agent secret avec terrorisme cybernétique, agence de filatures et opérations à couvert à la clé. Le joueur se glisse dans la peau de Sam Fisher, un agent de THIRD ECHELON, une filiale secrète de la NSA. Seul, mais armé de ce qu'il y a de mieux sur le marché en matière de haute-technologie, Sam Fisher est briefé pour infiltrer et neutraliser l'ennemi, et ce, sans laisser de traces. Sam est envoyé en mission au moment même où deux agents de la CIA disparaissent mystérieusement en Azerbaïdjan...